Il est le cousin d'Hinata à qui il voue une terrible haine au début du manga. Il fait partie de la branche secondaire du clan Hyûga : la Bunke. Comme tout membre de cette lignée, il maîtrise le byakugan (littéralement : œil blanc), ce qui lui permet de voir avec précision la circulation du chakra dans le corps de son adversaire et ainsi mieux cibler ses attaques afin de priver son ennemi de cette énergie vitale. Le Byakugan offre aussi une vision à près de 360°. Comme tout membre de la Bunke, il dispose du sceau maudit de l'oiseau en cage,symbolisé par une swastika sur le front (une simple croix dans l'anime). Cette marque permet au membres de la Sôke d'avoir un certain controle mental sur la Bunke
Il est partisan de l'idée selon laquelle c'est la naissance qui définit la valeur d'un combattant et le destin de celui-ci. Il changera progressivement d'avis après son combat avec Naruto Uzumaki contre qui il perdra. C'est un personnage assez solitaire et qui ne fait pas paraître ce qu'il ressent, même si son coeur est chargé d'une profonde tristesse suite à la mort de son père et à la tragédie de la famille Hyûga. Il semble froid et égoïste au premier abord, mais se résoudra à combattre seul Kidômaru pour permettre à ses camarades de s'échapper.
Neji était persuadé que son père, le frère jumeau de l'actuel chef de la Sôke (son oncle), avait été assassiné pour être livré aux ninjas du village caché des nuages, qui voulaient percer le secret du Byakugan. Son oncle démentira cette version et lui dira la vérité : son père s'est sacrifié volontairement pour éviter la guerre et la mort de son frère jumeau.
Il est dans l'équipe de Maito Gai avec Rock Lee et Tenten (qui l'admire beaucoup). Il passe pour être le meilleur élément de cette équipe et même le meilleur genin de tout Konoha.
Il fera parti de l'équipe qui partira à la recherche de Sasuke capturé par les quatre d'Oto. Il affrontera Kidômaru et le tuera au cours d'un terrible combat ou il sera également gravement blessé.